La Universidad Especializada del Contador Público Autorizado, está regida por una Junta Directiva conformada por miembros del Colegio de Contadores Público Autorizados de Panamá y por un representante de cada una de las firmas fundadoras.
A lo interno, la institución está dirigida por la rectora con el apoyo del decano general, la jefe de registro académico y el personal operativo, administrativo y de mercadeo.